Installing Gephi

JDK 8 installieren

Gephi braucht JDK 8 zum laufen.

sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/java
sudo apt update
sudo apt install oracle-java8-installer

Check which JAVA or JAVAC is installed

javac -version

Set the desired JAVA version

sudo apt install oracle-java8-set-default 

Setzt Version 8 (Weiß aber nicht sicher ob das geht.)

Besser mit:

sudo update-alternatives --config javac
There are 2 choices for the alternative javac (providing /usr/bin/javac).

  Selection    Path                                          Priority   Status
------------------------------------------------------------
* 0            /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/bin/javac   1111      auto mode
  1            /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/bin/javac   1111      manual mode
  2            /usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/bin/javac    1081      manual mode

Press <enter> to keep the current choice[*], or type selection number: 2
update-alternatives: using /usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/bin/javac to provide /usr/bin/javac (javac) in manual mode

Wo ist JAVA installiert?

sudo apt list --installed | grep jdk
WARNING: apt does not have a stable CLI interface. Use with caution in scripts.
default-jdk/bionic-updates,bionic-security,now 2:1.11-68ubuntu1~18.04.1 amd64 [installed]
default-jdk-headless/bionic-updates,bionic-security,now 2:1.11-68ubuntu1~18.04.1 amd64 [installed,automatic]
openjdk-11-jdk/bionic-updates,bionic-security,now 11.0.3+7-1ubuntu2~18.04.1 amd64 [installed,automatic]
openjdk-11-jdk-headless/bionic-updates,bionic-security,now 11.0.3+7-1ubuntu2~18.04.1 amd64 [installed,automatic]
openjdk-11-jre/bionic-updates,bionic-security,now 11.0.3+7-1ubuntu2~18.04.1 amd64 [installed,automatic]
openjdk-11-jre-headless/bionic-updates,bionic-security,now 11.0.3+7-1ubuntu2~18.04.1 amd64 [installed,automatic]
openjdk-8-jdk/bionic-updates,bionic-security,now 8u212-b03-0ubuntu1.18.04.1 amd64 [installed]
openjdk-8-jdk-headless/bionic-updates,bionic-security,now 8u212-b03-0ubuntu1.18.04.1 amd64 [installed,automatic]
openjdk-8-jre/bionic-updates,bionic-security,now 8u212-b03-0ubuntu1.18.04.1 amd64 [installed,automatic]
openjdk-8-jre-headless/bionic-updates,bionic-security,now 8u212-b03-0ubuntu1.18.04.1 amd64 [installed,automatic]

whereis jav

java: /usr/bin/java /usr/share/java /usr/share/man/man1/java.1.gz

Also in /usr/bin/java. Aber das ist nur ein Symbolic Link. Java liegt eigentlich wo anders, nämlich:

ls -l /usr/bin/java
lrwxrwxrwx 1 root root 22 Mai 18 22:33 /usr/bin/java -> /etc/alternatives/java

/usr/bin/java zeigt also auf /etc/alternatives/java, und

ls -l /etc/alternatives/java
lrwxrwxrwx 1 root root 43 Mai 18 22:33 /etc/alternatives/java -> /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/bin/java

/etc/alternatives/java zeigt also auf /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/bin/java.

Also ist die aktuelle Version von JAVA die 11. Um also die 8 zu setzen, benutze den Befehl mit der Umschaltung der Alternative wie oben gezeigt.

OpenGL

Damit der Graph funktioniert muss der richtige NVIDIA Treiber aktiviert werden.

=> Start -> Additional Drivers ->

Creating Desktop Link

Man kann ein Programm vom Desktop starten über ein File mit Endung .desktop im Verzeichnis ~/Desktop.

Man kann ein Programm über das Menü starten über ein File mit Endung .desktop im Verzeichnis /usr/share/applications.

Damit man bei Änderungen im Startprozess nicht immer beide Dateien ändern müssen arbeiten wir mit Symbolic Links.

Schritt 1: Launcher File

Ordner anlegen:

mkdir ~/Desktop_launcher

In diesem Ordner liegt der Launcher gephi.desktop mit folgendem Inhalt.

[Desktop Entry]
Name=Gephi
Comment=
Exec='/home/matse/Desktop/gephi-0.9.2/bin/gephi'
Icon=
Terminal=false
Type=Application
StartupNotify=true

Achtung: Wenn es im EXEC Befehl Leerzeichen gibt, sind ‚ Zeichen zu verwenden. Bei ICON geht das nicht.

Schritt 2: Ausführbar machen.

chmod +x gephi.desktop

Schritt 3: Make a symbolic link to the .desktop launcher

ln -s ~/Desktop_launchers/Gephi.desktop ~/Desktop/Gephi.desktop

Schritt 4: Make a symbolic link from the menu to the Desktop link

sudo ln -s ~/Desktop_launchers/Gephi.desktop /usr/share/applications/Gephi.desktop

Die Launchers aus dem Menü liegen also in /usr/share/applications

Thats it.

ACHTUNG: Bei mir musste ich noch für den Ordner ~/.gephi den user ändern. Der war nämlich root zugeordnet und dann mäkert Gephi beim Start.

ls -la
sudo chown -R $USER ~/.gephi